Jira のセットアップ時に作成した admin ユーザーの無効化は可能でしょうか？

セットアップ時に作成した管理者ユーザーのほかに管理権限を持っているユーザーが存在している場合は、無効化可能になります。
（管理者権限を持っているユーザーとは、Jira システム管理者権限と Jira 管理者権限が付与されているグループ（デフォルトでは jira-administrators ）に所属するユーザーのことです。）

ただし、ユーザー管理を Jira 以外で行っている場合は、Jira Internal Directory に管理者アカウントを一つは残しておくことをお勧めしています。
外部 Active Directory との連携がうまくいかないときに、全てのユーザーでログインできない恐れがあります。

なお、ユーザーを非アクティブ状態にするには、Jiraのユーザー削除をご参照ください。